Після очищення відсортоване насіння закладається в зерносховище. Кожна партія насіння складується окремо і позначається штабельним ярликом. Відповідно до ДСТУ 2240-93 сховища повинні бути критими та сухими, знезараженими від комірних шкідників. Мішки зберігають при вологості насіння, яка не перевищує стандартну, на настилах або піддонах, віддалених від підлоги не менше, ніж на 15 см, а від стіни – 70 см. Розміри штабелів та відстань між ними повинні сприяти відбору проб насіння з будь-якого місця і проведенню технологічних операцій.
При зберіганні насіння насипом висота бурту не повинна перевищувати: для олійних – 1,5 м, інших культур – 2 м. У складських приміщеннях з активною вентиляцією висота бурту насіння зернових культур допускається до 3 м. Слід уникати розміщення в сусідніх засіках насіння важко відокремлюваних культур (жито і пшениця, ячмінь і овес).
Усі партії до базового та базового насіння незалежно від призначення, а також партії сертифікованого насіння першої генерації, призначені для реалізації підлягають обов’язковому пакуванню та маркуванню.
Слід також зазначити, що упаковки повинні забезпечувати надійну цілісність їх вмісту під час зберігання і транспортування та унеможливлювати зміну їх вмісту після закриття упаковок.
Маркування партій насіння згідно з «Порядком маркування та пакування партій насіння» покладено на суб’єктів насінництва та розсадництва, і здійснюється ними в процесі доробки та пакування насіння.
Облік насіння, його рух, якість відображають у «Шнуровій книзі обліку насіння». Записи в ній повинні відповідати сортовим і насіннєвим документам та даним бухгалтерського обліку.
Контроль за зберіганням насіння включає в себе постійний моніторинг температури та вологості насіння за допомогою вологомірів та термоштанг, що дає змогу своєчасно виявити та запобігти його псуванню.
Кожна партія насіння, що зберігається, повинна пройти перевірку посівних якостей та отримати Сертифікат, що засвідчують посівні якості насіння або товарні якості садивного матеріалу, згідно з встановленою формою, а до закінчення терміну дії документу про якість, здійснити аналіз повторно.
